宁宗崩，理宗自宗室入即位，时事忽异，了翁积忧成疾，三疏求闲不得请，迁起居郎。明年，改元宝庆，雷发非时，上有"朕心终夕不安"之语，了翁入对，即论："人主之心，义理所安，是之谓天，非此心之外，别有所谓天地神明也。陛下盍即不安而求之，对天地，事太母，见群臣，亲讲读，皆随事反求，则大本立而无事不可为矣。"又论："讲学不明，风俗浮浅，立朝无犯颜敢谏之忠，临难无仗节死义之勇。愿敷求硕儒，丕阐正学，图为久安长治之计。"又请申命大臣，于除授之际，公听并观，然后实意所孚，善类皆出矣。