及董卓秉政，以琬名臣，征为司徒，迁太仆，更封阳泉乡侯。卓议迁都长安，琬与司徒杨彪同谏不从。琬退而驳议之曰：“昔周公营洛邑以宁姬，光武卜东郡以隆汉，天之所启，神之所安。大业既定，岂宜妄有迁动，以亏四海之望？”时人惧卓暴怒，琬必及害，固谏之。琬对曰：“昔白公作乱于楚，屈庐冒刃而前；崔杼弑君于齐，晏婴不惧其盟。吾虽不德，诚慕古人之节。”琬竟坐免。卓犹敬其名德旧族，不敢害。后与杨彪同拜光禄大夫，及徙西都，转司隶校尉，与司徒王允同谋诛卓。及卓将李C765、郭汜攻破长安，遂收琬下狱死，时年五十二。